Gekaufte Bücher können, ähnlich wie bei Apples AppStore, nicht komplett gelöscht sondern nur „ausgeblendet“ werden: Dazu geht man in iBooks in den iBook Store und meldet sich dort an (sofern man nicht schon angemeldet ist), nun kann man auf der rechten Seite unter „Alles auf einen Klick“ in den Bereich „Gekaufte Artikel“ wechseln (im Screenshot „b“) und dort seine Einkäufe verwalten: Beim überfahren eines Buches erscheint ein „X“, mit dem sich das Buch aus der Bibliothek entfernen lässt.

Um ausgeblendete Bücher wieder in die Bibliothek zurück zu holen, muss man unter „Alles auf einen Klick“ auf den Bereich „Account“ wechseln (im Screenshot „a“) und dort unter „iTunes in der Cloud“ bei „Ausgeblendete gekaufte Artikel“ auf „Verwalten“ klicken. Dort können die ausgeblendeten Bücher wieder in der Bibliothek eingeblendet werden.

Quelle: Apple Support Communities: How do I delete a book from iBooks?